野心家白赖仁（李子雄 饰）为了实现控制人类的梦想，派出手下甲贺忍者领袖虎大介追杀菊池博士，成功抢走了他身上的“赤盒”——一个收藏着菊池发明，可以抵抗任何病毒的药苗“人类”之小盒子！

　　菊池死后，白赖仁才发现世上只有一个叫高比（黄子华 饰）的潦倒音乐家才拥有打开“赤盒”之能力，遂派虎大介生擒高比，另一方面，菊池徒弟伊贺女忍者香也发誓要完成师傅遗愿---“杀高比”，而另一边，伊贺派芭蕉先生却派爱徒小灵（黄圣依 饰）保护高比，免落入坏人手上…