中国科学家10日结束第一阶段考察之后，于当天晚上7点离开科阿里，开始返回这次科考活动的大本营——玛瑙斯。11日凌晨1点多，科考船停留在途中休息，上午科考队员们到附近观察那里的粉河豚的活动情况之后，又到一个小镇上了解河沿岸居民的生活方式和生活习惯。中午12半，科考队回到科特亚斯市稍作休整后于1点半出发上路，继续驶向玛瑙斯方向。

　　两点左右，河面上突然狂风大作，科考船被迫停靠在河岸。不一会，暴雨从天而降，船员们紧急行动将防雨设备打开，将整个船体保护起来。狂风撕坏了船头的防雨布，刮得科考船不停地摇晃。雨水从船头刮进甲板，又从甲板流入房间。大约1小时后，风停了，雨也渐渐变小，科考船开始上路。12日凌晨1点半来到马纳卡普鲁市附近马纳卡普鲁湖后，停靠在湖岸休息。上午8点，科考船继续向玛瑙斯方向驶去，于当天下午3点返回玛瑙斯。

　　在返回路上，科考队对第一阶段考察工作做了总结，并明确了下一阶段的考察任务。科考队首席科学家陈光伟在总结前一段工作时表示，中国2004年中新药业亚马孙科学探险考察队在对亚马孙主流上游进行考察期间，进行了一系列的参观和考察活动，掌握了不少第一手资料，从理性认识上升到了感性认识。他表示，由于大家在出发前准备工作充足，考察期间团结努力，协同作战，科考队圆满完成了第一阶段的考察任务。在谈到第一阶段所取得的成绩时，陈教授还表示，科考队在对亚马孙地区的洪溢林、水生植物、爬行动物、热带雨林印第安土著居民的生活与文化等方面的研究取得了成果。陈教授还提出了第二阶段考察的主要任务。他希望科考队员们将第二阶段工作做得更有计划、更加周到、更加细致，要始终想着“野外第一”，多到现场观察，团结协作，交流信息，不辞辛劳，责任到位。他同时要求队员们要眼勤、耳勤、嘴勤、腿勤、手勤，力争将第二阶段的科考工作完成得更加出色。

　　13日，科考队员们将在玛瑙斯休整一天，14日上午出发，沿亚马孙河主要支流之一黑河上行，开始第二阶段科学探险考察活动。黑河因其水黑如咖啡而得名，是亚马孙河的一条主要支流，起源于哥伦比亚，全长约1700公里。黑河流域是亚马孙河流域生物资源最丰富的地区。由于黑河水无法饮用，河沿岸居民数量很少，因此那里大多数地区仍保持原始状态。第二阶段考察活动将于23日结束。