洪都拉斯现行宪法规定，总统由直接选举产生，任期4年，不得连任。本次政治危机起源于是否要就修宪举行全民公投。
    任期届满之前提出修宪：属于自由党的现任总统塞拉亚在2005年的选举中以微弱优势击败国民党候选人上台。他日前提议，于6月28日举行一次全民公投，内容是询问民众是否同意今年11月总统选举期间就成立制宪大会修改宪法举行正式公投。然而这一提议一提出，就遭到了国民议会、最高法院和军方的强烈反对。尽管塞拉亚一再表示，他提议修宪是因为这部施行了27年的宪法代表富裕阶层而不是广大民众的利益，阻碍了洪都拉斯的民主进程，因此必须予以革新。但反对派称，塞拉亚在明年1月总统任期届满之前提出修宪，是希望通过修宪实现连任，进而继续总揽国家大权。
　　总统与立法、司法机构以及军方对立：由于推动6月28日的公投，塞拉亚与立法、司法机构以及军方陷入对立之中。洪都拉斯议会23日宣布公投“非法”。塞拉亚24日以在公投问题上采取不合作态度为由，宣布撤销军队总参谋长巴斯克斯职务。同一天，国防部长奥雷利亚纳和海陆空3军总司令相继辞职，抗议塞拉亚的这一决定。25日，最高法院裁定塞拉亚必须为巴斯克斯复职。塞拉亚随后表示拒绝，双方的对立不断升级。总检察长路易斯·阿尔贝托要求议会罢免总统。
　　28日早晨，计划在公投中投出第一张选票的塞拉亚在遭到军方的扣押，并被带往哥斯达黎加。政变由此揭开序幕。

　　6月28日：6时，4名军官带领约200名士兵闯入总统府，鸣枪示警后，将塞拉亚押送至郊区空军基地。军方将塞拉亚送至哥斯达黎加一处空军基地。
　　外长罗达斯呼吁民众举行示威游行，上千名民众在总统府周围聚集，要求立即释放塞拉亚。9时许，军方控制了首都的主要街道，切断首都和外界的交通往来。　　
　　议长米凯莱蒂召集议员召开紧急会议。随后最高法院宣布罢免总统，并称军方拘押及强行驱逐总统的行为合法。最高选举法院宣布，11月29日将如期举行大选，选出取代塞拉亚的新任总统。
　　米切莱蒂出任临时总统，宣布在全国实行宵禁，并撤销罗达斯的外长职务。
　　塞拉亚晚上抵达尼加拉瓜首都马那瓜，出席专门为洪局势召开的“美洲玻利瓦尔替代计划”成员国紧急首脑会议和中美洲一体化体系成员国紧急首脑会议。
　　6月29日：早晨6时，宵禁暂时中止。但由于对国内形势的担忧情绪不断加剧，民众开始抢购食品、汽油等物品。
　　罗达斯中午抵达尼加拉瓜首都马那瓜，出席专门为洪军事政变召开的中美洲一体化体系、“美洲玻利瓦尔替代计划”和“里约集团”成员国紧急会议。
　　米切莱蒂任命了新内阁六名成员。
　　北部圣佩德罗苏拉爆发大规模游行，反对政变。
　　塞拉亚表示最早将于7月2日返回首都。他重申将坚持完成4年总统任期。